กระทรวงสาธารณสุขได้พัฒนาจัดทำรหัสมาตรฐานต่าง ๆ เพื่อใช้ประโยชน์การในระบบงานข้อมูลข่าวสารด้านสาธารณสุข ซึ่งรวมถึงรหัสมาตรฐานของยา โดยเริ่มดำเนินการตั้งแต่ปี 2543 ปัจจุบันได้เริ่มมีการนำมาใช้งานในระบบการรายงานข้อมูลการจัดซื้อเวชภัณฑ์ โดยศูนย์ข้อมูลข่าวสารด้านเวชภัณฑ์ กระทรวงสาธารณสุข 

          กระทรวงสาธารณสุขโดยสำนักนโยบายและยุทธศาสตร์ ได้พัฒนาการจัดทำรหัสมาตรฐานต่าง ๆ เพื่อการพัฒนาระบบงานข้อมูลข่าวสารให้เป็นไปในแนวทางเดียวกัน สามารถเชื่อมโยงแลกเปลี่ยนกันได้อย่างมีประสิทธิภาพ โดยได้มีการแต่งตั้งคณะทำงานชุดต่าง ๆ เพื่อจัดทำรหัสมาตรฐานแต่ละด้าน ในส่วนของรหัสมาตรฐานของยานั้น ได้มีการแต่งตั้งคณะทำงานจัดทำรหัสยา กระทรวงสาธารณสุข และคณะทำงานจัดทำรหัสมาตรฐานข้อมูลและชุดโครงสร้างข้อมูลของยาฯ กระทรวงสาธารณสุขเพื่อดำเนินการ โดยเริ่มจากการกำหนดรหัสสำหรับรายการยาที่มีการขึ้นทะเบียนในประเทศไทยจนถึงปี 2544 จากนั้นได้มีการทดลองใช้งาน ตรวจสอบและปรับปรุงรหัสเพื่อให้มีความถูกต้องและสมบูรณ์ขึ้น โดยศูนย์ข้อมูลข่าวสารด้านเวชภัณฑ์ ฯ เป็นแกนประสานงานการดำเนินการดังกล่าว ขณะนี้อยู่ในระหว่างการกำหนดรหัสเพิ่มเติมเพื่อให้ครอบคลุมรายการยาที่มีการขึ้นทะเบียนจนถึงปัจจุบัน รวมทั้งยาที่ได้รับการยกเว้นการขึ้นทะเบียนที่มีการใช้ในหน่วยงานราชการ อันได้แก่ ยาที่ผลิตโดยหน่วยงานราชการ/รัฐวิสาหกิจ เช่น องค์การเภสัชกรรม โรงงานเภสัชกรรมทหาร สถานเสาวภา สภากาชาดไทย ปัจจุบัน ได้เริ่มนำรหัสส่วนที่จัดทำแล้วเสร็จมาใช้งานในระบบการรายงานข้อมูลการจัดซื้อเวชภัณฑ์ที่หน่วยงานต่าง ๆ จัดส่งให้กระทรวงสาธารณสุข (ศูนย์ข้อมูลข่าวสารด้านเวชภัณฑ์ ฯ) และจะได้ทยอยเผยแพร่ให้หน่วยงานต่าง ๆ ได้นำไปใช้เพื่อประโยชน์ในการพัฒนาระบบงานข้อมูลข่าวสารของหน่วยงานและส่วนรวมต่อไป 

หลักการ
• เป็นรหัสยากลางที่ทุกหน่วยงานสามารถนำไปใช้ในการอ้างอิงในทุกบริบท เพื่อแลกเปลี่ยนข้อมูลกันได้
• กำหนดให้ครอบคลุมเภสัชเคมีภัณฑ์ที่ขึ้นทะเบียนเป็นยาในประเทศไทยเป็นอย่างน้อย
• แบ่งการกำหนดรหัสเป็น 3 ระดับคือระดับมูลฐาน ระดับประกอบ ระดับประยุกต์
• กำหนดรหัสยาตามชื่อสามัญ(Generic name) ของตำรับยา
• กำหนดรหัสยาแยกตามประเภทของตำรับเป็นรหัสยาเดี่ยวและรหัสยาผสม
• ในระดับประยุกต์ใช้ในหน่วยงานยังสามารถใช้รหัสเดิมของตนเองได้โดยที่จัดความสัมพันธ์
ของฐานข้อมูลเดิมให้สัมพันธ์กับฐานข้อมูลรหัสมาตรฐานของยา 

รหัสมาตรฐานของยา ประกอบด้วยชุดของรหัส
• ตัวยา (ประเภทของยา - 1 หลัก ตัวยา - 10 หลัก)
• ความแรงของยา (5 หลัก)
• รูปแบบของยา (3 หลัก)
• ปริมาณบรรจุ (3 หลัก)
• ผู้ผลิต/ผู้นำเข้า (5 หลัก)

การกำหนดรหัสของตัวยา
ประกอบด้วย 2 สดมภ์ (Field)
สดมภ์ที่ 1 - รหัสประเภทยา ( 1 ตัวอักษร)
สดมภ์ที่ 2 - รหัสตัวยา (10 ตัวอักษร)

รหัสประเภทของยา
1 = ยาเดี่ยว
2 = ยาผสม
3 = ยาผลิตเอง
5 - 9 = สงวนไว้ในอนาคต

การกำหนดรหัสยาเดี่ยว
อ้างอิงตามรหัสยา IOWA ของสำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา ซึ่งมี 16 หลัก 
โดยตัดกลุ่มยา IOWA ที่มี 6 หลักออก ใช้เฉพาะ 10 หลักหลัง
XXXXX + XXX + XX
XXXXX = เลขเรียงลำดับตัวยาสำคัญ
XXX = แสดงข้อมูลเกลือ 
XX = ใช้กำหนดกรณียาที่มี synonym

การกำหนดรหัสยาผสม
XXXXX + XXX + XX
XXXXX = รหัสกลุ่มที่ดัดแปลงจากระบบ ATC เป็นตัวเลข 
XXX = เลขเรียงลำดับในกลุ่ม ATC เดียวกัน 
XX = สงวนไว้ในอนาคต

การกำหนดรูปแบบของยา
• เป็นตัวเลข 3 หลัก
• ปรับปรุงจากข้อมูลที่สำนักงานคณะกรรมการอาหารและยากำหนด

การกำหนดรหัสความแรงของยา
• เป็นตัวเลข 5 หลัก
• 3 หลักแรก เป็นกลุ่มความแรง ความหมายเดียวกันใช้รหัสเดียวกัน
• 2 หลักหลัง กำหนดสำหรับความแรงเดียวกันแต่เขียนต่างกัน

การกำหนดรหัสปริมาณบรรจุ
• เป็นตัวเลข 3 หลัก
• เรียงตามลำดับ
• ความหมายเดียวกันใช้รหัสเดียวกัน

การกำหนดรหัสผู้ผลิต/นำเข้า
• เป็นตัวเลข 5 หลัก
• เป็นผู้ที่ขึ้นทะเบียนตำรับยา ข้อมูลจากสำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา
• กรณีที่เป็นหน่วยงานในกระทรวงสาธารณสุข และหน่วยงานอื่น ๆ ใช้รหัส 5 หลักที่สำนักนโยบายและยุทธศาสตร์กำหนดให้ใช้กันในปัจจุบัน